Najzachovalejšie časti prírodných ekosystémov sú vyhlásené za maloplošné chránené územia (ďalej MCHÚ) v rôznej kategórií a v rôznych stupňoch ochrany prírody (2. – 5.). Ich vyhlásením je týmto lokalitám poskytnutá konkrétna územná právna ochrana podľa zákona 543/2002 Z. z. o ochrane prírody a krajiny (§11 – § 31).
Územie maloplošných chránených území je v teréne vyznačené štandardným normovaným značením, ktoré vychádza z §52 zákona č.543/2002 Z.z. v znení §19 vykonávacej vyhlášky MŽP SR č.24/2003 k tomuto zákonu . Na označenie chránených území, chránených stromov a ich ochranných pásiem sa používajú tabule so štátnym znakom Slovenskej republiky a s názvom kategórie chráneného územia. Tabule sa umiestňujú na hlavné prístupové miesta na okraji chráneného územia. Hranica chránených území v lesných porastoch je v teréne vyznačená jedným plným a jedným polovičným (z vonkajšej strany) 5 cm širokým pásom červenej farby na stromoch v tzv. prsnej výške (130 cm nad zemou), aby bolo vidieť z jedného signálneho znaku na druhý.
| Názov chráneného územia | Rok vyhlásenia | Výmera v ha | Stupne ochrany prírody |
| NPR Abrod | 1964 | 92,00 | 4 |
| CHA Bahno | 2011 | 49,65 | 3, 4, 5 |
| PR Bezodné | 1964 | 3,46 | 4, 5 |
| CHA Bežnisko | 2012 | 922,31 | 3 |
| PR Bogdalický vrch | 1993 | 33,20 | 4 |
| CHA Budkovianske rybníky | 1994 | 14,07 | 4 |
| NPR Červený rybník | 1966 | 118,91 | 2, 4, 5 |
| CHA Devínske alúvium Moravy | 1999 | 253,16 | 2, 3, 4 |
| CHA Devínské jazero | 2021 | 1 268,9 | 3, 5 |
| NPR Horný les | 1981 | 543,02 | 2, 5 |
| PP Chropovská strž | 1993 | 47,66 | 4 |
| PP Chvojnica | 1991 | 31,6 52 | 4, 5 |
| PP Ivanské rameno | 1986 | 3,08 | 5 |
| PR Jasenácke | 2011 | 49,92 | 4, 5 |
| CHA Jazerinky | 2000 | 6,88 | 4 |
| CHA Jubilejný les | 1986 | 14,98 | 2 |
| PP Kátovské rameno | 1986 | 6,05 | 5 |
| CHA Kotlina | 2010 | 616,69 | 2, 3 |
| PP Kyseľová | 1990 | 18,13 | 4 |
| CHA Marhecké rybníky | 2009 | 57,48 | 3 |
| CHA Mešterova lúka | 2011 | 133,50 | 2, 4, 5 |
| PP Mníchova úboč | 1990 | 25,26 | 4. |
| PR Nové pole | 1983 | 6,77 | 4. |
| PR Orlovské vŕšky | 2011 | 206,92 | 2, 3, 4, 5 |
| PP Rieka Myjava | 1996 | 34,94 | 4, 5 |
| CHA Rudava | 2010 | 1944,87 | 3, 4 |
| CHA Široká | 2021 | 203,57 | 2 |
| PR Šmolzie | 1993 | 45,59 | 4 |
| CHA Šranecké piesky | 2012 | 987,59 | 3 |
| CHA Štepnické rameno | 1989 | 2,14 | 3, 4 |
| PR Vanišovec | 2012 | 196,84 | 4, 5 |
| PR Veterník | 1983 | 18,46 | 4 |
| CHA Vodná nádrž Petrova Ves | 1996 | 34,80 | 4 |
| PR Zelienka | 2011 | 141,68 | 3, 4, 5 |
Na území CHKO Záhorie sa nachádza 10 chránených území s celkovou výmerou 1260,23 ha. Väčšina MCHÚ sa nachádza v tzv. „voľnej krajine“, kde by bežne platil iba 1., teda najnižší stupeň ochrany prírody. Dokopy sa v územnej pôsobnosti Správy CHKO Záhorie nachádza 33 MCHÚ s výmerou 6888,0814 ha.
Zvyčajne sú to menšie územia, ktoré predstavujú pôvodné alebo ľudskou činnosťou málo pozmenené ekosystémy. Zmyslom vyhlasovania takýchto území za chránené je zachovanie pôvodnej flóry a fauny ako aj biotopov, ktoré sú pre daný región špecifické a zároveň aj vzácne. V minulosti sa vyskytovali na oveľa väčšom území, ale žiaľ v súčasnosti, sa dôsledkom mnohých zásahov do krajiny zachovali len na menších a často izolovaných lokalitách.
MCHÚ boli zaradené do rôznych kategórii chránených území v zmysle §17 zákona 543/2002 Z.z. a do rôznych stupňov ochrany prírody. V zmysle §11, ods. 2) zákona 543/2002 Z.z. existuje na Slovensku 5 stupňov ochrany prírody, pričom prvý stupeň je najnižší a piaty najvyšší. Rozsah zákazov a obmedzení sa so zvyšujúcim stupňom ochrany zväčšuje. Pre kategórie MCHÚ sú všeobecne zaužívané nasledovné skratky:
- NPR – národná prírodná rezervácia
- PR – prírodná rezervácia
- CHA – chránený areál
- PP – prírodná pamiatka
Podľa predmetu ochrany a stupňa zachovalosti sa chránené územia buď nechávajú bez zásahu na prirodzený vývoj, alebo sa vykonávajú určité opatrenia, ktoré zlepšia stav biotopov či druhov na danom území, príp. sú pre existenciu daných ekosystémov nevyhnutné. Napríklad, pri lúčnych ekosystémoch, ktoré neprežijú bez zásahu človeka , treba vykonávať pravidelné kosenie s následným zberom sena či pasenie. Niekde je zase potrebné cielene odstraňovať nepôvodné alebo invázne druhy drevín alebo bylín. V mnohých mokraďových územiach bolo nevyhnutné obnoviť vodný režim, ktorý bol v minulosti narušený odvodňovacími zásahmi v krajine.
Činnosti, ktoré sú na území obmedzené, zakázané, či naopak potrebné na zachovanie predmetu ochrany sú detailne vyšpecifikované v dokumente „Program starostlivosti o chránené územie“. Každé MCHÚ by malo mať takýto dokument spracovaný a pre všetky novo-navrhované územia je to doslova podmienkou pre ich vyhlásenie. Pre ostatné územia sa tieto programy starostlivosti priebežne vypracúvajú a po prerokovaní s vlastníkmi, užívateľmi a dotknutými organizáciami ich schvaľuje príslušný Okresný úrad.