Chránené vtáčie územie Záhorské Pomoravie bolo vyhlásené nariadenim vlády Slovenskej republiky číslo 145/2015 Z.z. z dôvodu zabezpečenia priaznivého stavu biotopov druhov vtákov európskeho významu a sťahovavých druhov vtákov chriašteľa bodkovaného, bučiaka trsťového, haje tmavej, haje červenej, sokola rároha, rybára riečneho, bučiačika močiarneho, kane močiarnej, kalužiaka červenonohého, bociana bieleho, bociana čierneho, rybárika riečneho, muchárika bielokrkého, kačice chrapľavej, kačice chripľavej, hrdzavky potápavej, brehule hnedej, prepelice poľnej, hrdličky poľnej, muchára sivého, slávika modráka, škovránka stromového, lelka obyčajného, ďatľa prostredného, ďatľa čierneho a chrapkáča poľného a zimovísk husi bieločelej, husi divej, husi krátkozobej, husi malej, husi siatinnej, husi snežnej, bernikly tmavej, bernikly bielolícej a bernikly červenokrkej a zabezpečenia podmienok ich prežitia a rozmnožovania.
Výmera chráneného územia predstavuje 33 067,99 ha a nachádza sa v Bratislavskom kraji a Trnavskom kraji, v okresoch Bratislava IV, Malacky, Senica a Skalica v katastre obcí Devínska Nová Ves, Záhorská Bystrica, Borinka, Gajary, Jakubov, Kostolište, Láb, Malacky, Malé Leváre, Plavecký Štvrtok, Stupava (a Mást), Suchohrad, Veľké Leváre, Vysoká pri Morave, Záhorská Ves, Závod, Zohor, Borský Svätý Jur, Čáry, Kúty, Moravský Svätý Ján, Sekule, Smolinské, Brodské, Gbely, Holíč, Kátov, Kopčany, Letničie, Petrova Ves, Radimov, Skalica a Unín.