Podľa fytogeografického členenia Slovenska patrí flóra CHKO Záhorie do oblasti panónskej flóry (Pannonicum), podoblasti vlastnej panónskej flóry (Eupannonicum), okresu Záhorská nížina. Z toho vyplýva, že je to veľmi teplá oblasť, do ktorej zasahujú aj teplomilné floristické prvky od našich južných susedov.

V západnej, pririečnej časti CHKO je terén viac-menej plochý, ale veľmi členitý, čo sa odráža na zložení rastlinných ekosystémov. Túto terénnu členitosť spôsobuje dlhodobé pôsobenie rieky a človeka na krajinu.

Najvzácnejším krajinným prvkom tejto časti CHKO sú veľké komplexy vlhkých kvetnatých lúk nachádzajúcich sa predovšetkým v medzihrádzovom priestore. Sú typickým príkladom spolupôsobenia prírody a ľudí na krajinu. Najvýznamnejším ekologickým faktorom, ktorý má vplyv na ich zloženie, sú každoročné záplavy rieky Morava prinášajúce živiny a dostatok vlahy. Treba ich kosiť aspoň raz za 2 až 3 roky, ináč zarastú najprv kríkmi a neskôr, za niekoľko desiatok rokov stromami, čím sa zmenia na les. Starať sa o ne a zachovať tieto v strednej Európe unikátne ekosystémy sa oplatí, pretože sa tu vyskytuje obrovské množstvo druhov (v priemere až 50 na 10 m2), z toho mnoho vzácnych a chránených. Z nich možno spomenúť nádherne fialovo kvitnúci plamienok celistvolistý (Clematis integrifolia, VU, §), skorocel najvyšší (Plantago altissima, CRr, §), modrastý kosatec sibírsky (Iris sibirica, VU, §), bleduľa letná (Leucojum aestivum, VU, §), v letných mesiacoch výrazne páchnuci cesnak hranatý (Allium angulosum, EN), pálčivka žilkatá (Cnidium dubium, VU), bielokvitnúca žerušnica malokvetá (Cardamine parviflora, EN, §), modro sfarbený veľmi dekoratívny kotúč modrastý (Eryngium planum, VU), tmavofialový horec pľúcny (Gentiana pneumonanthe, EN, §), nežná a pomerne nenápadná graciola lekárska (Gratiola officinalis, EN, §), fialka vyššia (Viola elatior, VU, §), f. nízka (V. pumila, EN, §) a nenápadná drobná papraď hadivka obyčajná (Ophioglossum vulgatum, CR, §).

 

O niekoľko decimetrov či niekedy len centimetrov nižší terén vytvára priestor pre vodnú a močiarnu vegetáciu. Toto zníženie terénu môže byť spôsobené riečnou činnosťou v minulosti alebo zásluhou človeka. V prvom prípade vidíme v krajine, či už na lúkach, poliach alebo aj v lesoch kľukatiace sa terénne depresie, vyznačujúce historické koryto rieky, respektíve jej bočných ramien, ktoré sú v dnešnej dobe ešte stále v spojení s riekou (čo býva veľmi zriedkavé) alebo v rozličnom štádiu zazemňovania. Druhým prípadom sú buď kanály alebo ťažobné jamy. Zloženie vegetácie závisí, napríklad od toho, či sú riečne ramená prietočné (ešte stále spojené s riekou a pri záplavách cez ne preteká voda), aká hlboká voda je v nich. Pri kanáloch, či sú čistené a koľko hnojív a pesticídov sa do nich spláchne z polí. Pri ťažobných jamách zasa, či sú nové, či majú strmé brehy alebo, či sa využívajú na rekreačné účely.

Pod vodnou hladinou rastú vzácnejšie druhy, ako stolístok praslenatý (Myriophyllum verticillatum, VU, §) a riečňanka menšia (Najas minor, VU). Otvorenú vodnú hladinu často pokrývajú rastliny ako dobre známa leknica žltá (Nuphar lutea, VU, §), podobné vzácnejšie lekno biele (Nymphaea alba, VU, §), kotvica plávajúca (Trapa natans, VU, §) s jedlými plodmi alebo juhoeurópsky druh drobuľka bezkoreňová (Wolffia arrhiza, VU, §) vyskytujúca sa na Záhorí len na jednej lokalite. V plytkej vode, bližšie k bahnitým brehom sa zo vzácnejších rastlín vyskytujú druhy, ako pomerne častá okrasa okolíkatá (Butomus umbellatus, VU), liečivý a aromatický puškvorec obyčajný (Acorus calamus) pôvodne pochádzajúci zo subtrópov, šípovka vodná (Sagittaria sagittifolia, LR) s veľmi dekoratívnymi listami, ďalej vzácne machorasty – mrvka dutinkatá (Riccia cavernosa, V) a m. plávajúca (R. fluitans, V). Na obnažených brehoch možno vidieť vzácnejšie drobné rastlinky – vrbicu yzopolistú (Lythrum hyssopifolia, VU), linderniu puzdierkatú (Lindernia procumbens, CRr, §), zemežlč pobrežnú (Centaurium littorale, CRr, §), z. menšiu (C. erythraea, LR, §).

Mozaiku prírodných biotopov dopĺňajú rozsiahlejšie porasty lužných lesov, ktoré sú podrobnejšie opísané v špeciálnej kapitole.

Primoravskú časť CHKO ozvláštňujú aj ľudské výtvory, ktoré rastlinám poskytujú úplne iné podmienky ako okolitá, zvyčajne dosť vlhká krajina. Protipovodňová hrádza a bunkre postavené medzi dvoma svetovými vojnami vytvárajú suché, a keď sa vyskytujú mimo les aj veľmi teplé stanovištia. Bunkre, ako pripomienka ľudskej nerozumnosti a vojnovej nevraživosti, napodobňujú skalné steny, kde sa bežne vyskytujú rozchodníky (Sedum sp.) spolu s jedlou portulakou zeleninovou (Portulaca oleracea) alebo klinček pripomínajúcou tunikou prerastenou (Petrorhagia prolifera).

V nive rieky Morava sa nachádza špeciálne miesto, ktorým je piesková duna. Je umiestnená v medzihrádzovom priestore, viac na severe územia, medzi obcami Malé Leváre a Moravský Svätý Ján. Je to jediný výskyt tohto typu biotopu v súčasnom alúviu rieky. Počas záplav sa vypína z vody ako ostrov porastený zakrpatenými borovicami lesnými (Pinus sylvestris), podľa ktorých dostala aj meno – Borová. Táto piesková duna je ešte stále pohyblivá, na rozdiel od celého veľkého komplexu dún tvoriacich druhú, východnejšiu časť CHKO Záhorie. Ešte na začiatku storočia sa niektoré z nich počas silných veterných búrok pohybovali a boli schopné prekryť pieskom aj celý dom. Všetky sú zvyškami bývalých sedimentov rieky Morava. Na zamedzeniu ich pohybu sa na nich v minulosti vysádzali borovice a duby, ktoré sa tu sadia dodnes. Tieto stanovištia sú extrémne suché a na miestach bez stromového krytu aj veľmi teplé. Piesková pôda je kyslá, veľmi ľahká, nestabilná, často na povrchu narúšaná veternou eróziou. Tieto charakteristiky umožňujú výskyt špeciálne prispôsobených rastlinných druhov. Väčšinou sú menšieho vzrastu, s plytkým koreňovým systémom na zachytávanie povrchovej vlahy alebo naopak s hlbokým kolovým koreňom, ktorý dosiahne až k hladine podzemnej vody. Listy majú drobnejšie s čo najmenšou plochou alebo pokryté tuhou vrstvou kutikuly, či chĺpkami, aby sa čo najviac zabránilo výparu. Druhy vyskytujúce sa na týchto stanovištiach sú vo flóre našej krajiny veľmi vzácne, pretože ich výskyt je obmedzený takmer výlučne na Záhorie alebo južné Slovensko. Typické druhy vyšších rastlín sú kyjanka sivá (Corynephorus canescens) pripomínajúca malú pichľavú loptičku, voňavá dúška materina (Thymus serpyllum), len na Záhorí sa vyskytujúca tráva kostrava Dominova (Festuca dominii, VU), ostrica Fritschova (Carex fritschii, VU, §), panónsky endemit klinček neskorý (Dianthus serotinus, EN, §) kvitnúci na bielo až koncom leta, panónsky subendemit gypsomilka zväzkovitá piesočná (Gypsophila fastigiata subsp. arenaria, EN, §), g. metlinatá (G. paniculata, ENr, §) obe s jemnými, ako letný oblak bielymi súkvetiami, skorocelovec piesočný (Psyllium arenarium, VU), nenápadný kolenec jarný (Spergula morisonii, EN, §) a k. päťtyčinkový (S. pentandra, ENr, §), nežne bledomodro kvitnúci pavinec horský (Jasione montana, LR), veľmi vzácna basia vlnokvetá (Bassia laniflora, CR, §), s jasnými žltými kvetmi tarica kopcová Gmelinova (Alyssum montanum subsp. gmelinii, ENr, §), kosatec dvojfarebný (Iris variegata, VU, §), absolútne nenápadná a veľmi vzácna tezdálka piesočná (Teesdalia nudicaulis, CRr, §) a napokon zimoľub okolíkatý (Chimaphila umbellata, EN, §) vyskytujúci sa len v sterilnom stave (nevytvára semená). Na pieskoch sa vyskytujú aj tri vzácne druhy známe pod miestnym názvom „panská tráva“ kavyľ piesočný (Stipa borysthenica, CR, §), k. Ivanov (S. joannis, VU, §), k. vláskovitý (S. capillata, CRr), ktoré aj napriek ich vzácnosti často ľudia trhajú do suchých kytíc. Na obnažených pieskoch majú svoju úlohu aj bohaté porasty machov a lišajníkov. Najvzácnejší druh je lišajník dutohlávka ježovitá (Cladonia portentosa, E), ktorá sa v rámci Slovenska vyskytuje iba na Záhorí a zatiaľ len na jednom jedinom mieste pri Šajdíkových Humenciach. Je to zároveň najvýchodnejšie miesto jej výskytu v Európe.

Medzidunové depresie poskytujú úplne opačné podmienky pre život rastlín. Je tu celoročne vlhko až mokro. Oproti piesočným dunám je tu veľmi chladno, čo spôsobuje vyvierajúca podzemná voda podtekajúca popod duny. Tieto vlastnosti prostredia podnietili vznik rašelinísk. Väčšina z nich je porastená jelšovým slatinným lesom, ale torzovito sa tu vyskytujú aj slatinné lúky. Tieto biotopy sa vyznačujú vysokým počtom vzácnych a chránených druhov ako sú napríklad drobný pupkovník obyčajný (Hydrocotyle vulgaris, CRr, §), sitina cibuľkatá (Juncus bulbosus, EN, §), klinček pyšný (Dianthus superbus, VU, §) s nápadnými ružovkastými kvetmi, ostrica česká (Carex bohemica, EN), o. Hartmannova (C. hartmanii, VUr, §), drobučká plazivá vŕba rozmarínolistá (Salix rosmarinifolia, VU, §). Neskôr v lete (júl) kvitne na ostroružovo sfarbený mečík močiarny (Gladiolus palustris, CRr, §) vyskytujúci sa len na Záhorí, aj to len na jednej lokalite. Z papradí tu rastú papraď hrebenatá (Dryopteris cristata, VU, §) a papradník močiarny (Thelypteris palustris, VU), z machorastov kosáčik plavúňovitý (Drepanocladus lycopodioides, E, §), mrvkatec plávajúci (Ricciocarpos natans, V) a mrvka rýnska (Riccia rhenana, E, §). V rašelinných tôňach sa našli aj veľmi vzácne riasy nitelopsis tupý (Nitellopsis obtusa, §) a Chara hispida. Tieto stanovištia svojimi vyššie spomenutými vlastnosťami vytvárajú priestor aj pre také rastliny, ktoré sa okrem záhorských rašelinísk nachádzajú už len vo vyšších polohách našich hôr. Preto sú pre oblasť Záhoria veľmi vzácne. Nazývajú sa boreálne alebo aj reliktné druhy a patria sem: kvôli nelegálnym zberačom liečivých rastlín ubúdajúci druh slovenskej flóry vachta trojlistá (Menyanthes trifoliata, EN, §), tmavofialovo kvitnúca nátržnica močiarna (Comarum palustre, VU, §), plnými žltými kvetmi nápadný žltohlav najvyšší (Trollius altissimus, VU, §), hadovník väčší (Bistorta major) a plavúň obyčajný (Lycopodium clavatum, LR, §). Rašeliniská poskytujú útočisko aj mnohým druhom z čeľade vstavačovitých (Orchidaceae). Na Záhorskej nížine sú to vstavačovec strmolistý (Dactylorhiza incarnata, EN, §), v. májový (D. majalis, VU, §), v. škvrnitý sedmohradský (D. maculata subsp. transsilvanica, CRr, §), v. škvrnitý mokraďný (Dactylorhiza maculata subsp. elodes, DD, §), vstavač ploštičný (Orchis coriophora, CRr, §), v. vojenský (O. militaris, VU, §) a v. močiarny (O. palustris, CRr, §).

Zvláštna skupina organizmov stojaca na pomedzí rastlinstva a živočíšstva, ktorá tu ešte nebola spomenutá, ale pre Záhorie je veľmi známa a typická, sú huby. V extrémnych podmienkach kyslých pieskových dún by sa aj odolná borovica ťažko uchytila v takom veľkom rozsahu bez pomoci húb. Symbiózne spojenie vo forme mykorízy je výhoda pre obe strany. Hubári sa preto môžu tešiť takým krásnym druhom ako je suchohríb hnedý (Xerocomus badius), masliak kravský (Suillus bovinus), m. zrnitý (S. granulatus), m. obyčajný (S. luteus) či m. strakatý (S. variegatus). Okrem týchto lahôdok sú borové lesy často ozdobené aj nejedlými hubami, ktoré majú buď zvláštne tvary alebo pestré farby, ako plávka horká (Russula amara), pestrec obyčajný (Scleroderma citrinum), líška oranžová (Hygrophoropsis aurantiaca), ohnivec šarlátový (Sarcoscypha coccinea), kučierka veľká (Sparassis crispa) na Záhorí známa tiež ako „baraní huava“.

Podobne ako pri vyšších rastlinách aj v skupine húb sa nájdu veľmi vzácne druhy s výskytom na Záhorí. V lužných lesoch sú to napríklad drevokazné lupeňovité druhy, ako nápadne červeno-oranžovo sfarbená štítovka šarlátová (Pluteus aurantiorugosus, R) a nenápadnejšia pahliva šafranová (Crepidotus crocophyllus, R, §). V starých dubových porastoch sa vzácne vyskytujú chránené druhy: suchohríb marhuľovožltý (Xerocomus armeniacus, R, §), hríb žltý (Boletus junquilleus, V, §) alebo hríb purpurový (Boletus rhodoxanthus, V, §). V borinách Záhoria možno nájsť aj také rarity ako sliziak ružový (Gomphidius roseus, R, §) či korkovec zrastený (Phellodon confluens, R, §). Na obnažených pieskoch možno nájsť veľmi vzácnu bruchatkovitú hubu vyzerajúcu ako malý vodojem – stopkovec Kotlabov (Tulostoma kotlabae, E), nenápadné lupeňovité huby – drobuľku pieskomilnú (Psathyrella ammophila, E, §) či striešku bedľovitú (Endoptychum agaricoides, E, §).

Huby sú príčinou veľkej jesennej návštevnosti územia CHKO Záhorie, ktorá má na jeho flóru negatívny dopad. Preto sú aj niektoré jedlé druhy húb chránené aby sa zamedzilo ich úplnému vyzbieraniu. Podobne je to aj s konvalinkou voňavou (Convallaria majalis, LR, §) alebo snežienkou jarnou (Galanthus nivalis, LR, §), ktoré nekontrolovaným a masovým zberom každoročne utrpia straty.

Vstup človeka do prírodného prostredia prináša zvyčajne veľa negatívnych prvkov a jedným z nich je aj šírenie nepôvodných rastlinných druhov, ktoré ako invázne vojská obsadzujú priestory v prírode a vytláčajú konkurenčne slabšie, ale pôvodné domáce druhy. Na Záhorí najväčšie problémy spôsobujú stromy agát biely (Robinia pseudoacacia), javorovec jaseňolistý (Negundo aceroides) a pajaseň žliazkatý (Ailanthus altissima), z bylín zlatobyľ (Solidago sp.), astra novobelgická (Aster novi-belgii agg.), glejovka americká (Asclepias syriaca) a v poslednom čase sa najmä v lesných porastoch veľmi rozširujúce líčidlo americké (Phytolacca americana). Všetky spomenuté druhy boli na naše územie dovezené buď ako okrasné alebo medonosné rastliny a postupne „utiekli“ zo záhrad a parkov do voľnej prírody.

Tieto iné ľudské vplyvy ako odvodňovanie, rozorávanie lúk, intenzívna pastva dobytka, zanedbávanie kosby lúk, prílišná chemizácia prostredia a iné zásahy spôsobujú, že v minulosti pomerne bežné druhy sa postupne strácali, až nakoniec zmizli aj z poslednej známej lokality. Iste je možné, že sa v priebehu času znovu objavia, ale opäť by to bolo len na obmedzenom počte lokalít (zvyčajne je to jedna) a tam sa nedá hovoriť o veľmi životaschopnej populácii. Takto sa stali nezvestnými vzácne druhy – páperec alpínsky (Trichophorum alpinum, CRr, §), orchidea pokrut letný (Spiranthes aestivalis, EX?, §), či vodné rastliny – rezavka aloovitá (Stratiotes aloides, EN, §) ako aj leknovec štítnatý (Nymphoides peltata, ENr, §). Určite by bolo škoda keby sa k nim pridávali ďalšie a ďalšie druhy len kvôli sebeckosti a neprispôsobivosti človeka.

Našťastie, na Záhorskej nížine sa ešte stále vyskytujú miesta, kde je bohatá pôvodná flóra. V rámci nej sa tu vyskytujú aj druhy chránené nielen našim zákonom. Podľa Washingtonského dohovoru sú chránené všetky naše druhy z čeľade vstavačovitých a tiež snežienka jarná (Galanthus nivalis, LR, §). Do smernice EÚ Habitats Directive patrí zo Záhoria doteraz 12 nájdených rastlinných druhov: 8 machorastov, 1 papraďorast a 3 vyššie cievnaté rastliny.

Vysvetlivky:

§ – zákonom chránený druh

EX – vyhynulý

CR – kriticky ohrozený

EN, E – ohrozený

VU, V – zraniteľný

LR – menej ohrozený

DD – chýbajúce alebo nedostatočné údaje

r, R – zriedkavý